Open: Обработка конформационных ансамблей в Python: Difference between revisions
(Created page with "Hello world") |
mNo edit summary |
||
| Line 1: | Line 1: | ||
New title: Обработка конформационных ансамблей в Python | |||
<big>'''Архив с примерами''' -- Вставить ссылку</big> | |||
==В чем заключается эта обработка и для чего её делать?== | |||
Поиск конформеров с определенными типами контактов или другими геометрическими особенностями | |||
Поиск уникальных конформеров | |||
Фильтрование и сортировка по энергии | |||
==Установка библиотеки== | |||
Требуется Python 3.x (x > ???). | |||
Для установки на Linux нужно выполнить в терминале | |||
pip install ... | |||
Для установки на Windows нужно выполнить в командной строке | |||
pip install ... | |||
Обратите внимание, что в некоторых случаях может понадобиться заменить pip на pip3 (это зависит от того, как у вас установлен Python). | |||
Проверьте корректность установки: импортируется ли библиотека и выполняются ли тесты: | |||
import ??? | |||
import ???.test | |||
???.test.run_tests() | |||
==Пример обработки набора конформаций== | |||
==Функционал библиотеки== | |||
==TODO== | |||
1. Get structures as (list of) numpy arrays | |||
2. RMSD filtering | |||
3. Build connectivity graphs & search for VdW contacts | |||
4. Complex filtering conditions (how to implement?) | |||
5. Complex description templates (how to implement?) | |||
Revision as of 22:35, 16 July 2022
New title: Обработка конформационных ансамблей в Python
Архив с примерами -- Вставить ссылку
В чем заключается эта обработка и для чего её делать?
Поиск конформеров с определенными типами контактов или другими геометрическими особенностями
Поиск уникальных конформеров
Фильтрование и сортировка по энергии
Установка библиотеки
Требуется Python 3.x (x > ???).
Для установки на Linux нужно выполнить в терминале
pip install ...
Для установки на Windows нужно выполнить в командной строке
pip install ...
Обратите внимание, что в некоторых случаях может понадобиться заменить pip на pip3 (это зависит от того, как у вас установлен Python).
Проверьте корректность установки: импортируется ли библиотека и выполняются ли тесты:
import ??? import ???.test ???.test.run_tests()
Пример обработки набора конформаций
Функционал библиотеки
TODO
1. Get structures as (list of) numpy arrays
2. RMSD filtering
3. Build connectivity graphs & search for VdW contacts
4. Complex filtering conditions (how to implement?)
5. Complex description templates (how to implement?)
