Open: Обработка конформационных ансамблей в Python: Difference between revisions

From TheorChemGroup at ZIOC RAS
VisualWikitext
mNo edit summary
mNo edit summary
Line 13: Line 13:
==Установка библиотеки==
==Установка библиотеки==


Требуется Python 3.x (x >= 3.7).
Для работы под Linux требуется Python версии 3.7 или выше. Для работы под Windows требуется Python версии 3.8 или выше.


Для установки на Linux нужно выполнить в терминале одну из следующих команд:
Для установки на Linux нужно выполнить в терминале следующую команду:


  pip install -i https://test.pypi.org/simple/ pyxyz==0.37.1 # Для Python 3.7.x
  pip install -i https://test.pypi.org/simple/ pyxyz<1.0.0
pip install -i https://test.pypi.org/simple/ pyxyz==0.38.1 # Для Python 3.8.x
pip install -i https://test.pypi.org/simple/ pyxyz==0.39.1 # Для Python 3.9.x
pip install -i https://test.pypi.org/simple/ pyxyz==0.310.1 # Для Python 3.10.x


Для установки на Windows нужно выполнить в командной строке
Для установки на Windows нужно выполнить в командной строке эту строчку:


  pip install ...
  pip install -i https://test.pypi.org/simple/ pyxyz>=1.0


Обратите внимание, что в некоторых случаях может понадобиться заменить pip на pip3 (это зависит от того, как у вас установлен Python).
Обратите внимание, что в некоторых случаях может понадобиться заменить pip на pip3 (это зависит от того, как у вас установлен Python).


Проверьте корректность установки: импортируется ли библиотека и выполняются ли тесты:
После вызова pip install проверьте корректность установки: импортируется ли библиотека и выполняются ли тесты:


  import pyxyz
  import pyxyz
  import pyxyz.test
  import pyxyz.test
  pyxyz.test.run_tests()
  pyxyz.test.run_tests()


==Пример обработки набора конформаций==
==Пример обработки набора конформаций==


==Функционал библиотеки==
==Функционал библиотеки==

Revision as of 10:46, 18 July 2022

New title: Обработка конформационных ансамблей в Python

Архив с примерами -- Вставить ссылку

В чем заключается эта обработка и для чего её делать?

Поиск конформеров с определенными типами контактов или другими геометрическими особенностями

Поиск уникальных конформеров

Фильтрование и сортировка по энергии

Установка библиотеки

Для работы под Linux требуется Python версии 3.7 или выше. Для работы под Windows требуется Python версии 3.8 или выше.

Для установки на Linux нужно выполнить в терминале следующую команду: 

pip install -i https://test.pypi.org/simple/ pyxyz<1.0.0

Для установки на Windows нужно выполнить в командной строке эту строчку: 

pip install -i https://test.pypi.org/simple/ pyxyz>=1.0

Обратите внимание, что в некоторых случаях может понадобиться заменить pip на pip3 (это зависит от того, как у вас установлен Python).

После вызова pip install проверьте корректность установки: импортируется ли библиотека и выполняются ли тесты: 

import pyxyz
import pyxyz.test
pyxyz.test.run_tests()

Пример обработки набора конформаций

Функционал библиотеки

Добавление структур в набор

include_from_file

Изменение данных

sort

update_description

Фильтры:

energy_filter

distance_filter

valence_filter

dihedral_filter

Получение данных

save

size

get_structure

get_atom_symbols

Подсчет структур:

energy_count

distance_count

valence_count

dihedral_count

TODO

1. RMSD filtering

2. Build connectivity graphs & search for VdW contacts

3. Complex filtering conditions (how to implement?)

4. Complex description templates (how to implement?)

TODO: include_from_dict

TODO: copy constructor, operator+

Retrieved from "https://theorchem.ru/mediawiki/index.php?title=Open:_Обработка_конформационных_ансамблей_в_Python&oldid=1119"