Open: Обработка конформационных ансамблей в Python
New title: Обработка конформационных ансамблей в Python
Архив с примерами -- Вставить ссылку
В чем заключается эта обработка и для чего её делать?
Поиск конформеров с определенными типами контактов или другими геометрическими особенностями
Поиск уникальных конформеров
Фильтрование и сортировка по энергии
Установка библиотеки
Требуется Python 3.x (x > ???).
Для установки на Linux нужно выполнить в терминале
pip install ...
Для установки на Windows нужно выполнить в командной строке
pip install ...
Обратите внимание, что в некоторых случаях может понадобиться заменить pip на pip3 (это зависит от того, как у вас установлен Python).
Проверьте корректность установки: импортируется ли библиотека и выполняются ли тесты:
import ??? import ???.test ???.test.run_tests()
Пример обработки набора конформаций
Функционал библиотеки
TODO
1. Get structures as (list of) numpy arrays
2. RMSD filtering
3. Build connectivity graphs & search for VdW contacts
4. Complex filtering conditions (how to implement?)
5. Complex description templates (how to implement?)
