Open: Обработка конформационных ансамблей в Python
New title: Обработка конформационных ансамблей в Python
Архив с примерами -- Вставить ссылку
В чем заключается эта обработка и для чего её делать?
Поиск конформеров с определенными типами контактов или другими геометрическими особенностями
Поиск уникальных конформеров
Фильтрование и сортировка по энергии
Установка библиотеки
Требуется Python 3.x (x >= 3.7).
Для установки на Linux нужно выполнить в терминале одну из следующих команд:
pip install -i https://test.pypi.org/simple/ pyxyz==0.37.1 # Для Python 3.7.x pip install -i https://test.pypi.org/simple/ pyxyz==0.38.1 # Для Python 3.8.x pip install -i https://test.pypi.org/simple/ pyxyz==0.39.1 # Для Python 3.9.x pip install -i https://test.pypi.org/simple/ pyxyz==0.310.1 # Для Python 3.10.x
Для установки на Windows нужно выполнить в командной строке
pip install ...
Обратите внимание, что в некоторых случаях может понадобиться заменить pip на pip3 (это зависит от того, как у вас установлен Python).
Проверьте корректность установки: импортируется ли библиотека и выполняются ли тесты:
import pyxyz import pyxyz.test pyxyz.test.run_tests()
Пример обработки набора конформаций
Функционал библиотеки
Добавление структур в набор
include_from_file
Изменение данных
sort
update_description
Фильтры:
energy_filter
distance_filter
valence_filter
dihedral_filter
Получение данных
save
size
get_structure
get_atom_symbols
Подсчет структур:
energy_count
distance_count
valence_count
dihedral_count
TODO
1. RMSD filtering
2. Build connectivity graphs & search for VdW contacts
3. Complex filtering conditions (how to implement?)
4. Complex description templates (how to implement?)
TODO: include_from_dict
TODO: copy constructor, operator+
