Open: Мастер-класс: Моделирование реакции
Введение
В данном мастер-классе/мануале я покажу вам как смоделировать реакцию от экспериментальных данных до нахождения механизма реакции.
Что будет в мастер-классе:
- Составление ментальной модели реакции
- Предложение механизма реакции
- Выбор приближений
- Построение структур в Chemcraft и составление инпут-файлов для ORCA
- Запуск расчетов и анализ получившихся файлов
- (Возможно) Нестандартные типы расчетов (IRC, NEB)
Чего не будет
- Конформационного поиска (по нему есть свой мануал, и не один)
- Перевода с теоретического на химический (тоже есть свой мануал)
Реакция взята отсюда [pdf], все данные в статьей есть, поэтому если захотите подсмотреть, всегда сможете это сделать. В самом мастер-классе я постараюсь свести подсказки к минимуму и даже в конце не приведу финальный механизм, посмотрите в статье
Задача
Есть два соединения, содержащих комбинацию фрагментов хиназолинона и цимантрена (4 и 3). В ацетонитриле происходит отщепление одной молекулы CO и реакция получающегося 16e комплекса с молекулой растворителя. В бензоле соединение 4 реагируют в соответствии с нашими ожиданиями, в результате чего образуется хелат 6, со связью Mn-O. В то же время реакция с соединением 3 не приводит к продукту 5, а вместо этого получается смесь 4 и 6. Это подтверждается спектрами ИК, ЯМР и УФ спектроскопии. Насколько нам известно, этот фотохимический перенос цимантренильной группы от кислорода к азоту является первым литературным примером, когда цимантрен сохраняет все три карбонила при фотовозбуждении. Надо понять, почему это так происходит, то есть предложить механизм реакции.
Что понадобится
- Доступ к боту
- Chemcraft
- Notepad++
- Chemdraw
- (Опционально) Python/Exel/Photoshop для построения энергетического профиля реакции
