Open: Обработка конформационных ансамблей в Python
New title: Обработка конформационных ансамблей в Python
Архив с примерами -- Вставить ссылку
В чем заключается эта обработка и для чего её делать?
Поиск конформеров с определенными типами контактов или другими геометрическими особенностями
Поиск уникальных конформеров
Фильтрование и сортировка по энергии
Установка библиотеки
Для работы под Linux требуется Python версии 3.7 или выше. Для работы под Windows требуется Python версии 3.8 или выше.
Для установки на Linux нужно выполнить в терминале следующую команду:
pip install -i https://test.pypi.org/simple/ pyxyz<1.0.0
Для установки на Windows нужно выполнить в командной строке эту строчку:
pip install -i https://test.pypi.org/simple/ pyxyz>=1.0
Обратите внимание, что в некоторых случаях может понадобиться заменить pip на pip3 (это зависит от того, как у вас установлен Python).
После вызова pip install проверьте корректность установки: импортируется ли библиотека и выполняются ли тесты:
import pyxyz import pyxyz.test pyxyz.test.run_tests()
Пример обработки набора конформаций
Функционал библиотеки
Добавление структур в набор
include_from_file
Изменение данных
sort
update_description
Фильтры:
energy_filter
distance_filter
valence_filter
dihedral_filter
Получение данных
save
size
get_structure
get_atom_symbols
Подсчет структур:
energy_count
distance_count
valence_count
dihedral_count
TODO
1. RMSD filtering
2. Build connectivity graphs & search for VdW contacts
3. Complex filtering conditions (how to implement?)
4. Complex description templates (how to implement?)
TODO: include_from_dict
TODO: copy constructor, operator+
