Open: Корректировка свободных энергий Orca с помощью GoodVibes
Свободная и электронная энергии
Как вы могли заметить при работе с Orca, энергия, получаемая на каждом шаге оптимизации (SINGLE POINT ENERGY), отличается от свободной энергии Гиббса (Final Gibbs free energy), получаемой в конце расчёта при условии расчёта частот.
Первая из них - электронная энергия - сумма энергий взаимодействий электронов с ядрами, электронов с электронами, ядер с ядрами и кинетической энергии электронов. Вторая - свободная энергия Гиббса - это то, что нужно для описания химических реакций.
Энергия Гиббса зависит не только от электронной энергии, но и от энергий колебаний молекулы (и поэтому получается только при расчёте частот), а так же энергий её трансляционных и вращательных степеней свободы. Эти энергии зависят не только от самой молекулы и температуры, но и от её окружения (растворителя и концентрации).
Для более корректного расчёта этой энергии существует программа GoodVibes.
Установка GoodVibes
- Убедитесь, что у вас установлен Python 3.
- Скачайте GoodVibes с https://github.com/TheorChemGroup/GoodVibes2.
- Перенесите папку "goodvibes" в папку с модулями (Lib) Python'а (примерный путь: C:\Users\user\AppData\Local\Programs\Python\Python310\Lib).
Использование GoodVibes
Запустите командную строку, перейдите в папку с log-файлами Orca и запустите по аналогии:
| python -m goodvibes --freespace toluene -c 1 --invertifreq auto -t 433.15 *.out |
где:
- freespace - указание на свободный объём в растворителе (принимает названия растворителей);
- -c - концентрация (стандартная - 1 М);
- --invertifreq auto - инвертирование мнимых частот, кроме той, которая соответствует TS;
- -t - температура в Кельвинах;
- *.out - маска для файлов, которые необходимо обработать.
Более подробное описание всех команд имеется на Github.
В данной версии программы по умолчанию используется приближение Трулара и пороговое значение 175 см-1.
Получаем что-то вроде:
Корректно завершённые расчёты были обработаны, и новые значения энергий приведены в крайнем правом столбце таблицы.
Помните, что обработаны должны быть все расчёты - нельзя использовать вперемешку энергии Гиббса из Orca и энергии из GoodVibes.
